Сертифициращият орган (СО) на програмата е Дирекция "Национален фонд" към Министерство на финансите на Република България. Сертифициращият орган получава плащанията, направени от Европейската Комисия и трансферира фондовете към разплащателното звено в Министерство на  регионалното развитие и благоустройството.

Сертифициращият орган изпълнява следните функции: 

• изготвя и внася в Комисията заверените отчети за разходите и заявленията за плащане; 
• удостоверява, че: отчетът за разходите е правилен, резултат е от надеждни счетоводни системи и се основава на проверими разходо-оправдателни документи; 
• декларираните разходи са в съответствие с приложимите правила на Общността и националните правила и са направени по отношение на операции, избрани за финансиране в съответствие с критериите, приложими за програмата и в съответствие с правила на Общността и националните правила; 
• гарантира за целите на сертификацията, че получена информация от Управляващия орган е адекватна относно процедурите и проверките, извършени във връзка с разходите, включени в отчетите за разходите; 
• взема предвид за целите на сертифицирането всички резултатите от всички одити, извършени от или под ръководството на Одитния орган; 
• поддържа счетоводни записи в компютъризирана форма на декларираните разходи пред Комисията. Управляващият орган и Одитиращия орган трябва да имат достъп до тази информация. При писмено искане от страна на Комисията, СО предоставя на Комисията тази информация, в срок от десет работни дни от получаване на искането или друг договорен срок, с цел извършване на документална проверка и проверки на място; 
• води сметка на суми, подлежащи на възстановяване и на суми, изтеглени след анулирането на всички или на част от сумите за дадена операция. Възстановените суми се връщат към общия бюджет на Европейския съюз преди приключването на трансграничната програма, като се приспадат от следващия отчет за разходи; 
• изпраща на Комисията, до 28 февруари всяка година, декларация, идентифицираща следната информация  за всяка приоритетна ос на трансграничната програма: сумите изтеглени от отчетите за разходите, представени по време на предходната година след анулирането на целия или на част от публично финансиране за дадена операция;  възстановените суми, които са били приспаднати от отчетите за разходи; отчет за сумите, подлежащи на възстановяване към 31 декември на предходната година, класифицирани по годината, в която са били издадени нарежданията за възстановяване.