Институција за одобравање плаћање је „Национални фонд“ Директората Министарства финансија Републике Бугарске. Институција за одобравање плаћања прима уплате од стране Европске комисије и врши трансфер средстава на рачун јединице за плаћање у Министарству регионалног развоја и јавних радова и одговорно је за:

• издавање и подношење оверених извештаја о плаћеним трошковима  и захтева за плаћање Европској комисији;
• оверавање исправности плаћених трошкова, за поузданост система књиговодства на основу оверене пратеће документације, за усклађеност пријављених трошкова са критеријумима које прописује Европска  комисија и домаће закоднодавство за спроведене програмске операције, које су предвиђене буџетом програма према постојећим критеријумима Комисије и националних уредби;
• обезбеђивање документације која потврђује поштовање процедуре у сврху овере извештаја о плаћеним трошковима према јасно датим упутствима Институције за управљање програмом; 
• обезбеђивање извештаја са резултатима ревизорских контрола у надлежности независног ревизора програма;
• вођење евиденције у електронској форми за све поднете трошкове Европској комисији. Институција за управљање програмом и независно ревизорско тело такође имају приступ тим информацијама. На захтев Комисије у писаној форми, Институција за одобравање плаћање подноси извештај Комисији о провери документације у року од десет радних дана од пријема захтева  или у року који је претходно договорен;
• води евиденцију о подигнутим и рефундираним средствима након престанка програма за све или део предвиђених средстава за неку програмску активност. Рефундирана средства се враћају у буџет Европске уније пре завршетка програма прекограничне сарадње, и не приказују се у следећем рачуну укупног буџета програма;
• подноси извештај Комисији до 28. фебруара сваке године за сваки приоритет у оквиру програма прекограничне сарадње, који садржи изводе за извршена плаћања у току претходне године након завршетка дела или свих плаћања у оквиру програмске активности, рефундиране износе који су изузети из извода плаћања трошкова и изводе за плаћања која треба да се изврше до 31. децембра, за претходну годину у односу на време издавања захтева за извршење тих налога.