Заједнички надзорни одбор се формира у року од три месеца после одобравања почетка спровођења програма  у чијем саставу су представници, које су две државе партнери именовали према потписаним принципима партнерства. ЗНО се састаје минимум два пута годишње на иницијативу држава партнера или Европске комисије и њиме председава Институција за управљање програмом (Бугарска) и Национални координатор (Србија).

Представник или представници Европске комисије или представници других релевантних тела учествују у раду ЗНО и имају саветодавну улогу у раду одбора.

Основна улога и одговорност Заједничког надзорног одбора (ЗНО) је да:

• разматра и одобрава критеријуме за избор операција које ће се финансирати из програма прекограничне сарадње и да одобрава измену тих критеријума у складу са потребама програма;
• периодично проверава постигнуте резултате у остваривању специфичних циљева програма прекограничне сарадње на основу докумената, које подноси Институција за управљање програмом;
• проверава резултате у процесу имплементације програма, а нарочито  постигнуте циљеве  за сваку приоритетну осу и врши њихову процену у складу са чланом 57 (4) и чланом 109;
• разматра и одобрава годишње и завршне извештаје о имплементацији програма у складу са чланом 112;
• поседује информације о резултатима годишњег извештаја о извршеној контроли у складу са чланом 105 (1) (ц) и осталим релевантним примедбама, које је дала Европска комисија у својим коментарима на извештаје;
• врши избор програмских операција;
• предлаже измене и врши проверу програмских операција прекограничне сарадње које  омогућују постизање циљева у складу са чланом 86 (2) или које унапређују процес руковођења и финансијско управљање;
• разматра и одобрава предлоге за измену амандмана на програм прекограничне сарадње;
• врши контролу програма према дефинисаним финансијским индикаторима, као и према индикаторима процене постигнутих циљева и резултата;
• одобрава листу изабраних контролора и оцењивача пројеката;
• одобрава адендуме на потписане уговоре са главним партнером у пројекту, који се односи на измене у укупном буџету или трајање пројекта;
• одобрава сву интерну документацију, која се односи на спровођење програма у прекограничној сарадњи две државе.