Погранична област у којој се спроводи ИПА програм прекограничне сарадње Бугарска-Србија покрива територију од 39. 434 км2 ( 20. 525 км2 са бугарске стране и 18. 909 км2  у Србији). Граничи се са Румунијом на северу и са Бившом Југословенском Републиком Македонијом на југу. Дужина границе између две државе је 341 км, од чега се 315 км протеже преко копна, односно 26 км у сливу реке Тимок. Постоји 5 прекограничних прелаза дуж целе границе.

Цела територија пограничне области Бугарска-Србија обухвата 12 административних јединица: 6 региона у Бугарској, који су класификовани као статистичке територијалне административне јединице, ниво III (ЕУРОСТАТ) у складу са Уредбом Савета Европске комисије 1059/2003, која дефинише класификацију статистичких територијалних административних јединица у складу са нацртом Упутства Европске комисије од јануара 2004. године и 6 округа у Србији, који представљају еквивалентне статистичке територијалне административне јединице, ниво III.

Бугарска статистичка територијална административна јединица, ниво III

Регион Видин 

11 општина: Белоградчик, Бојница, Брегово, Видин, Грамада, Димово, Кула, Макреш, Ново Село, Ружинци, Купрен

Регион Монтана 

11 општина: Берковица, Бојчиновци, Брусарци, Валчедрам, Варшец, Георги Дамјаново, Лом, Медковец, Монтана, Чипровци, Јакимово

Регион Софија

22 општине: Антон, Божуриште, Ботевград, Кавдар, Челопек, Долна бања, Драгоман, Елин Пелин, Етропол, Годеч, Горња Малина, Ихтиман, Копривштица, Костенец, Костинброд, Мирково, Пирдоп, Правец, Самоков, Сливница, Своге, Златица

Регион Перник

6 општина: Брезник, Земен, Ковачевци, Перник, Радомир, Тран

Регион Кјустендил

9 општина: Бобовдол, Бобошево, Кочериново, Кјустендил, Невестино, Сапарева бања, Дупница, Треклјано

Регион град Софија

1 општина: град Софија

Србија – еквивалентне статистичке територијалне административне јединице обухваћене програмом прекограничне сарадње

Борски Округ

4 оштине: Бор, Кладово, Мајданпек, Неготин

Зајечарски Округ

4 општине: Бољевац, Зајечар, Књажевац, Сокобања

Нишавски Округ

11 општина: Град Ниш ( општине: Панталеј, Медијана, Црвени крст, Палилула и Нишка Бања), Алексинац, Гаџин Хан, Дољевац, Мерошина, Ражањ, Сврљиг

Пиротски Округ

4 општине: Бабушница, Бела Паланка, Димитровград, Пирот

Јабланички Округ

6 општина: Бојник, Власотинце, Лебане, Лесковац, Медвеђа, Црна трава

Пчињски Округ

7 општина: Босилеград, Бујановац, Владичин Хан, Врање, Прешево, Сурдулица, Трговиште