Канцеларија за европске интеграције Владе Републике Србије као Национално тело програма спроводи заједничко програмирање, управљање и спровођење програма и предузима неопходне мере за пружање подршке Институцији за управљање програмом, Институцији за одобравање плаћања и независном ревизорском телу у испуњавању њихових обавеза и одговорно је за:

• учешће у заједничком програмирању и спровођењу програмских активности у складу са циљевима програма;
• именовање српских представника у раду Заједничког надзорног одбора;
• учешће у припреми описа посла и избору експерата за рад у Заједничком техничком секретаријату ( у главној и локалној канцеларији);
• припрему главних смерница за посебну контролу, која се спроводи на националном нивоу на основу програмских смерница, а које су одобрене од стране Заједничког надзорног одбора;
• потписивање билатералног Меморандума о разумевању у име Републике Србије;
• допринос изменама у примени програма према специфичним потребама Републике Србије;
• пружање релевантних информација у вези програма  и обезбеђује јавност програмских активности на националном нивоу; 
• обезбеђивање приступа информацијама Институцији за управљање програмом, Институцији за одобравање плаћања и независном ревизорском телу у циљу испуњавања њихових обавеза дефинисаних програмом.