Съвместният комитет за наблюдение (СКН) се създава в рамките на 3 месеца след одобрение на програмата и се състои от представители номинирани от двете партниращи страни съгласно принципа за партньорство. Съвместният комитет за наблюдение се събира минимум 2 пъти годишно по инициатива на партниращите страни или на Комисията и се съ-председателства от Управляващия орган (България) и Националния партниращ орган (Сърбия). Представител/и на Европейската Комисия или други релевантни институции участват в работата на  Съвместния комитет за наблюдение със съвещателни функции.

Съвместният комитет за наблюдение е отговорен за следните задачи:

• разглежда и одобрява критериите за избор на операции финансирани от трансграничната програма и одобрява всички промени на тези критерии в съотвсетвие с нуждите на програмата;
• периодично преглежда прогреса направен в посока постигане на специфичните цели на програмата на базата на документи предоставени от Управляващия орган;
• преглежда резултатите от изпълнението, отделните постижения на целите определени за всяка приоритетна ос и оценките в съответствие с  чл.  57(4) и член 109;
• разглежда и одобрява  годишните и финални доклади за изпълнение в съответствие с чл. 112;
• информира се за годишния доклад за контрол в съответствие с чл. 105 (1)(с) и за други релевантни коментари на Европейската Комисията, които могат да възникнат след разглеждането на тези доклади;
• може да предложи промени или преглеждане на трансграничните програми с оглед на това да направи възможно постигане на целите в съотвсетвие с чл. 86(2) или да подобри управление им  в това число и финансовото управление;
• разглежда и одобрява   предложения за изменение съдържанието на трансграничните програми;
• извършва наблюдение на програмата по отношение на финансовите индикатори, също така на резултатите и индикаторите за постигнати резултати;
• одобрява лист с контрольори и оценители;
• одобрява всякакви изменения на договори с водещи организации, които се отнасят до промяна на общия бюджет или продължителността на проекта;
• одобрява всички вътрешни документи отнасящи се до изпълнението на програмата между двете страни.