Общата стратегическа цел на програмата за трансгранично сътрудничество по Инструмента за предприсъединителна помощ (ИПП) България – Сърбия е да засили териториалното сближаване на българо-сръбския трансграничен регион, конкурентоспособността и устойчивостта на развитието му  чрез сътрудничество в икономическата, социалната и екологичната област в рамките на административните граници.

Общата цел на програмата, заедно с основните елементи на стратегията, получени в резултат на направения SWOT анализ, доведоха до формулирането на следните специфични цели на  Програмата за трансгранично сътрудничество по Инструмента за предприсъединителна помощ (ИПП) България – Сърбия:

Специфична цел № 1: Да се модернизира инфраструктурата, позволяваща социално и икономическо развитие и подобряване на околната среда от двете страни на границата чрез подобряване на достъпа до транспорт, информационни и комуникационни услуги, както и чрез подобряване на трансграничните системи за комунални услуги и защита на околната среда.

Специфична цел № 2: Да се увеличи икономическата синергия в региона и да се подобри капацитета за съвместно използване на общия регионален потенциал за подобряване на регионално благосъстояние, чрез разработване на политика и социални мрежи, създаване на стабилна рамка за (трансгранична) подкрепа на бизнеса, създаване на партньорства в отделните сектори като култура, туризъм,  развойна и изследователска дейност, опазване на околната среда и образованието, активен обмен на добри практики, както и съвместно регионално планиране и подготовка на икономически сектор на региона за участие в общия европейски пазар.

Специфична цел № 3: Да се популяризират принципите на устойчивото развитие на трансграничния регион изразяващо се в повишаване на взаимното разбиране и съблюдаването на тези принципи, чрез разработване на успешни модели за сътрудничество между бизнес и местните заинтересовани лица в ключовите приоритетни области.